/* ec-molsubtype — app-specific styles on top of molpath.css */

/* =================================================================
   Subtype & confidence tokens
   ================================================================= */

:root {
  --st-polemut: #1f6f61;
  --st-mmrd: #2a6ab5;
  --st-p53abn: #c7642f;
  --st-nsmp: #8a7e6e;
  --st-concordant: #2e7d32;
  --st-discordant: #b71c1c;
  --st-na: #9e9e9e;
}


/* =================================================================
   Header
   ================================================================= */

.site-header {
  padding: var(--mp-space-md) 0;
}

.brand {
  text-decoration: none;
  display: flex;
  align-items: center;
  gap: var(--mp-space-sm);
}

.brand-mark {
  font-family: var(--mp-mono);
  font-weight: 500;
  font-size: var(--mp-fs-sm);
  background: var(--mp-accent);
  color: #fff;
  padding: 3px 7px;
  border-radius: 4px;
  letter-spacing: 0.04em;
}

.brand-name {
  font-weight: 600;
  color: var(--mp-ink);
  font-size: var(--mp-fs-base);
}

.nav-links a {
  color: var(--mp-ink-soft);
  text-decoration: none;
  font-size: var(--mp-fs-sm);
  font-weight: 500;
  transition: color var(--mp-transition);
}

.nav-links a:hover {
  color: var(--mp-accent);
}


/* =================================================================
   Footer
   ================================================================= */

.site-footer {
  padding: var(--mp-space-xl) 0 var(--mp-space-lg);
  border-top: 1px solid var(--mp-border);
}


/* =================================================================
   Badges — subtype & confidence
   ================================================================= */

.badge {
  display: inline-block;
  padding: 3px 10px;
  border-radius: 5px;
  font-weight: 600;
  font-size: var(--mp-fs-xs);
  letter-spacing: 0.03em;
  font-family: var(--mp-mono);
  color: #fff;
}

.subtype-POLEmut { background: var(--st-polemut); }
.subtype-MMRd    { background: var(--st-mmrd); }
.subtype-p53abn  { background: var(--st-p53abn); }
.subtype-NSMP    { background: var(--st-nsmp); }

.confidence-high       { background: var(--mp-success-bg); color: var(--mp-success-ink); }
.confidence-moderate   { background: var(--mp-warning-bg); color: var(--mp-warning-ink); }
.confidence-low        { background: var(--mp-error-bg);   color: var(--mp-error-ink); }
.confidence-discordant { background: var(--mp-error-bg);   color: var(--mp-danger); }


/* =================================================================
   Index — classify form
   ================================================================= */

.classify-form {
  margin-top: var(--mp-space-lg);
}

.upload-row {
  display: grid;
  grid-template-columns: 1fr 1fr 1fr;
  gap: var(--mp-space-md);
  margin-bottom: var(--mp-space-md);
}

.file-field input[type="file"] {
  margin-top: var(--mp-space-xs);
  width: 100%;
}

.required-dot::after {
  content: " *";
  color: var(--mp-accent-2);
  font-weight: 700;
}

.metadata-details {
  margin: var(--mp-space-md) 0;
  border: 1px solid var(--mp-border);
  border-radius: var(--mp-radius-md);
  padding: var(--mp-space-sm) var(--mp-space-md);
}

.metadata-details summary {
  cursor: pointer;
  user-select: none;
}

.details-body {
  margin-top: var(--mp-space-md);
}

.form-grid-3 {
  display: grid;
  grid-template-columns: 1fr 1fr 1fr;
  gap: var(--mp-space-sm);
  margin-bottom: var(--mp-space-sm);
}

.form-grid-5 {
  display: grid;
  grid-template-columns: repeat(5, 1fr);
  gap: var(--mp-space-sm);
}

.form-grid-3 label,
.form-grid-5 label {
  display: flex;
  flex-direction: column;
  gap: 2px;
}

.submit-btn {
  margin-top: var(--mp-space-md);
  padding: 11px 28px;
  font-weight: 600;
  font-size: var(--mp-fs-base);
}


/* =================================================================
   Demo chips
   ================================================================= */

.demo-panel {
  padding: var(--mp-space-md) var(--mp-space-xl);
}

.demo-grid {
  display: flex;
  flex-wrap: wrap;
  gap: var(--mp-space-sm);
  margin-top: var(--mp-space-sm);
}

.demo-chip {
  display: inline-block;
  text-decoration: none;
  padding: 5px 14px;
  border-radius: 20px;
  font-size: var(--mp-fs-sm);
  font-weight: 500;
  font-family: var(--mp-sans);
  letter-spacing: 0.01em;
  color: #fff;
  transition: opacity var(--mp-transition), transform var(--mp-transition);
}

.demo-chip:hover {
  opacity: 0.85;
  transform: translateY(-1px);
}

.demo-chip.subtype-POLEmut { background: var(--st-polemut); }
.demo-chip.subtype-MMRd    { background: var(--st-mmrd); }
.demo-chip.subtype-p53abn  { background: var(--st-p53abn); }
.demo-chip.subtype-NSMP    { background: var(--st-nsmp); }
.demo-chip.demo-edge       { background: var(--mp-bg-2); color: var(--mp-ink-soft); }


/* =================================================================
   Result page — hero subtype display
   ================================================================= */

.result-hero {
  position: relative;
  overflow: hidden;
}

/* Colored left border for subtype identity */
.subtype-hero-POLEmut { border-left: 6px solid var(--st-polemut); }
.subtype-hero-MMRd    { border-left: 6px solid var(--st-mmrd); }
.subtype-hero-p53abn  { border-left: 6px solid var(--st-p53abn); }
.subtype-hero-NSMP    { border-left: 6px solid var(--st-nsmp); }

.hero-top {
  display: flex;
  justify-content: space-between;
  align-items: flex-start;
  flex-wrap: wrap;
  gap: var(--mp-space-sm);
}

.sample-id {
  font-size: var(--mp-fs-lg);
  margin-top: 2px;
  color: var(--mp-ink);
}

/* The dominant subtype name */
.hero-subtype {
  font-family: var(--mp-mono);
  font-weight: 700;
  font-size: clamp(2.4rem, 5vw, 3.6rem);
  line-height: 1.1;
  margin: var(--mp-space-sm) 0;
  letter-spacing: -0.02em;
}

.subtype-hero-POLEmut .hero-subtype { color: var(--st-polemut); }
.subtype-hero-MMRd    .hero-subtype { color: var(--st-mmrd); }
.subtype-hero-p53abn  .hero-subtype { color: var(--st-p53abn); }
.subtype-hero-NSMP    .hero-subtype { color: var(--st-nsmp); }

.hero-description {
  font-size: var(--mp-fs-sm);
  color: var(--mp-ink-soft);
  line-height: 1.5;
  max-width: 600px;
  margin: 0;
}


/* =================================================================
   Classification path
   ================================================================= */

.classification-path {
  display: flex;
  flex-direction: column;
  gap: 6px;
  margin-top: var(--mp-space-sm);
}

.step {
  display: flex;
  align-items: center;
  gap: 10px;
  padding: 8px 12px;
  border-radius: var(--mp-radius-sm);
  background: #fff;
  border: 1px solid var(--mp-border);
  flex-wrap: wrap;
}

.step-positive {
  border-left: 4px solid var(--st-concordant);
  background: var(--mp-success-bg);
}

.step-negative {
  border-left: 4px solid var(--mp-border);
}

.step-number {
  font-family: var(--mp-mono);
  font-weight: 500;
  font-size: var(--mp-fs-xs);
  color: var(--mp-ink-soft);
  min-width: 1.4em;
}

.step-test {
  font-weight: 600;
  font-size: var(--mp-fs-sm);
}

.step-result {
  font-size: var(--mp-fs-xs);
  padding: 2px 8px;
  border-radius: 3px;
  font-weight: 500;
}

.step-result.positive {
  background: var(--mp-success-bg);
  color: var(--mp-success-ink);
}

.step-result.negative {
  background: #eee;
  color: var(--mp-ink-soft);
}

.step-variant {
  font-family: var(--mp-mono);
  font-size: var(--mp-fs-xs);
  color: var(--mp-ink);
}

.step-details {
  color: var(--mp-ink-soft);
  font-size: var(--mp-fs-xs);
  font-style: italic;
  flex-basis: 100%;
  padding-left: 2.2em;
}


/* =================================================================
   Evidence grid
   ================================================================= */

.evidence-grid {
  display: grid;
  grid-template-columns: repeat(auto-fit, minmax(200px, 1fr));
  gap: var(--mp-space-sm);
  margin-top: var(--mp-space-sm);
}

.evidence-card {
  padding: var(--mp-space-md);
}

.evidence-card.concordant {
  border-color: var(--st-concordant);
  border-left: 4px solid var(--st-concordant);
}

.evidence-card.discordant {
  border-color: var(--st-discordant);
  border-left: 4px solid var(--st-discordant);
}

.evidence-card.na {
  border-left: 4px solid var(--st-na);
}

.evidence-value {
  font-size: 1.4rem;
  font-weight: 700;
  font-family: var(--mp-mono);
  margin: 2px 0 4px;
}

.concordance-badge {
  display: inline-block;
  padding: 2px 8px;
  border-radius: 3px;
  font-size: var(--mp-fs-xs);
  font-weight: 600;
}

.concordance-badge.concordant { background: var(--mp-success-bg); color: var(--st-concordant); }
.concordance-badge.discordant { background: var(--mp-error-bg);   color: var(--st-discordant); }
.concordance-badge.na         { background: #f0ece2;              color: var(--st-na); }


/* =================================================================
   Clinical notes & flags
   ================================================================= */

.clinical-notes {
  list-style: none;
  padding: 0;
  margin: var(--mp-space-sm) 0 0;
}

.clinical-notes li {
  padding: 6px 0 6px 14px;
  border-left: 2px solid var(--mp-border);
  margin-bottom: 4px;
  font-size: var(--mp-fs-sm);
  line-height: 1.5;
}


/* =================================================================
   Actions bar
   ================================================================= */

.action-bar {
  margin-top: var(--mp-space-sm);
  flex-wrap: wrap;
}


/* =================================================================
   Methods page
   ================================================================= */

.methods-nav {
  display: flex;
  flex-wrap: wrap;
  gap: var(--mp-space-sm);
  margin-top: var(--mp-space-md);
}

.methods-nav a {
  color: var(--mp-accent);
  text-decoration: none;
  font-size: var(--mp-fs-xs);
  font-weight: 500;
  text-transform: uppercase;
  letter-spacing: 0.06em;
  padding: 4px 10px;
  border: 1px solid var(--mp-border);
  border-radius: 20px;
  transition: background var(--mp-transition), border-color var(--mp-transition);
}

.methods-nav a:hover {
  background: var(--mp-accent);
  color: #fff;
  border-color: var(--mp-accent);
}

.methods-section h3 {
  font-size: var(--mp-fs-base);
  font-weight: 600;
  margin-top: var(--mp-space-lg);
  margin-bottom: var(--mp-space-xs);
}

.methods-section p,
.methods-section li {
  font-size: var(--mp-fs-sm);
  line-height: 1.6;
}

.methods-table {
  width: 100%;
  border-collapse: collapse;
  margin: var(--mp-space-md) 0;
  font-size: var(--mp-fs-sm);
}

.methods-table th,
.methods-table td {
  text-align: left;
  padding: 8px 10px;
  border-bottom: 1px solid var(--mp-border);
}

.methods-table th {
  font-size: var(--mp-fs-xs);
  font-weight: 500;
  text-transform: uppercase;
  letter-spacing: 0.04em;
  color: var(--mp-ink-soft);
}

.limitations-list li,
.references-list li {
  margin-bottom: var(--mp-space-sm);
}


/* =================================================================
   Flowchart
   ================================================================= */

.flowchart {
  max-width: 480px;
  margin: var(--mp-space-md) 0;
}

.flow-step {
  display: flex;
  align-items: center;
  gap: 8px;
  padding: 8px 12px;
  border-radius: var(--mp-radius-sm);
  background: #fff;
  border: 1px solid var(--mp-border);
}

.flow-positive {
  border-left: 4px solid var(--st-concordant);
}

.flow-neutral {
  border-left: 4px solid var(--st-na);
}

.flow-num {
  font-family: var(--mp-mono);
  font-weight: 500;
  background: var(--mp-bg-2);
  border-radius: 50%;
  width: 1.5em;
  height: 1.5em;
  display: flex;
  align-items: center;
  justify-content: center;
  font-size: var(--mp-fs-xs);
  flex-shrink: 0;
}

.flow-label {
  flex: 1;
  font-size: var(--mp-fs-sm);
}

.flow-arrow {
  color: var(--mp-ink-soft);
  font-size: var(--mp-fs-xs);
}

.flow-down {
  text-align: center;
  color: var(--mp-ink-soft);
  padding: 2px 0;
  font-size: var(--mp-fs-xs);
}


/* =================================================================
   Responsive
   ================================================================= */

@media (max-width: 700px) {
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  .form-grid-3 { grid-template-columns: 1fr 1fr; }
  .form-grid-5 { grid-template-columns: 1fr 1fr 1fr; }
  .result-header { flex-direction: column; }
  .result-badges { margin-top: var(--mp-space-xs); }
}